Buttarlo nel cesso direi di no, è parte definente del setting. Tutti i piani esterni (la grande ruota) e le città-portale ai confini del dominio concordante delle terre esterne sono create a partire dal loro allineamento.
Gestirlo in modo molto diverso da quanto fa D&D... beh, su questo non puoi che trovarmi assolutamente d'accordo!
Quanto al dire che a Sigil l'allineamento conta davvero... beh: no. A Sigil gente con fedi contrapposte è costretta da una forza oppressiva e superiore a non litigare.
E se come me giochi dopo la cacciata, le fazioni a Sigil contano (superficialmente) poco, salvo per quelle che gestiscono attività a Sigil come l'Obitorio, l'Armeria, la guardia, la Sala delle Feste, il Manicomio, il Gran Ginnasio.