Il mondo non è destinato alla distruzione. Nel mondo post-Madoka gli Incubatori lavorano ancora per contrastare l'entropia, con l'aiuto delle Puella Magi che combattono contro i demoni generati dal lato oscuro delle emozioni umane. Madoka ha fatto in modo che il sacrificio di ogni Puella Magi presente, passata e futura vada a vantaggio sia del mondo degli umani, sia della salute dell'universo in generale. Ma per farlo, ha dovuto consumare tutta sé stessa, e salvare un universo di cui non potrà più fare parte.