Fattibilissimo e, a mio parere, anche piuttosto semplice ;-)
Intanto bisogna definire che cosa sarà il gioco.
Se si parla solo ed esclusivamente della lotta dei risvegliati dentro Matrix si potrebbe pensare ad un unico Pool, tipo "Consapevolezza" o qualcosa del genere, e da lì partire con un crunch relativamente "standard".
Altrimenti si piazzano i tre pool standard di Vigore, Istinto e Ragione. Si piazza un Segreto che consenta di imparare versioni sotto Ragione delle Abilità di Vigore ("Conosco il Kunk Fu") senza associarle anche a Vigore (idem per Istinto, probabilmente). Se si vuole dare importanza anche alla città e alla lotta fuori Matrix basta quindi piazzare qualche Segreto figo anche per rappresentare questo (Segreto del Mecha, Segreto del Navigatore) e il gioco è fatto.