Non fai.
Il pdf non ha alcun concetto di flusso del testo, semantica o struttura della pagina. E' solo testo incollato su un rettangolo.
Quindi quando fai il copincolla da un due-colonne in pdf se ti va BENE ottieni due colonne di testo in txt (che puoi tagliare con una selezione rettangolare... credo la faccia anche openoffice) da riordinare. Se ti va male sono stati fatti trucchi a livello di grafica/impaginazione e quando incolli il testo e' tutto incasinato (con le righe incastrate tra loro a pettine ad esempio).
Poi mi chiedono perche' il pdf mi sta sulle balle

(Renato, proud owner of a BeBook Mini Black)